2011年あたりから、YouTubeから落とした動画（flv）が、After EffectsやPremiereなどのアドビツールで読み込めなくなりました。
読み込もうとすると、『この「.flv」ファイルは破損しているか、サポートされていません。』と表示されてしまいます。
原因としては、YouTubeから落としたflvのコンテナがFlash Videoで、動画のエンコードがAVC(h.264)でされていることが問題のようです。
wikipediaから確認すると、
『F4Vがサポートする映像コーデックは「H.264/AVC」、音声コーデックは「MP3」「AAC」のみとなっているが、 上記の通りH.264/AVCとAACをフルに活用できるように設計されており、H.264/AVCとAACを扱う場合は、 FLVではなくF4Vの利用が推奨されている。』
と書いてあり、Adobeとしてはflvの際は、on2vp6などを勧めているようです。（CS6では、AfterEffectsや、Media Encoderでも、flvを選択したときはon2、f4vのときはh.264でしか書き出せないようです。）
【参考】Flash Video – Wikipedia
ただ、ブラウザなどのFlash PlayerではFlash Video形式のコンテナで、h.264でエンコードされていても再生は可能となっています。
※映像のコンテナやコーデックなどの確認は、MediaInfoなどで調べることができます