さくらのレンタルサーバの場合、.htaccess の設定をするだけだとうまくいかないことが多いです。
やり方としては、
・/usr/local/php/5.2.17/bin/php-cgi を設定したい環境(www/ 配下など) にコピー
・php-cgi を php.cgi にリネームする
・php.cgi の属性を 705 に変更する (実行権限を付ける)
・ドキュメントルートに、以下のように記載した .htaccess を置く
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Action myphp-script /php.cgi
AddHandler myphp-script .php .html
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以上になります。
FFFTPなどのFTPクライアントより、Tera Termなどのターミナルを使用したほうがやりやすいと思われます。
FTPクライアントを使用する際は、転送モードをバイナリモードなどにする必要があります。