After Effects で上記のようなエラーが起き、レンダリングに失敗することが最近多くありました。（環境としては、CS6 win7 64bit SSD）
ちょうどELEMENT 3D を導入した辺りから頻繁に起きるようになったので、プラグインが原因かなと思ったのですが、特に関係無いようです。
調べてみると、どうやらマルチプロセッサーが原因のようで「環境設定」の「メモリ&マルチプロセッサー」から、AfterEffects マルチプロセッサーのチェックを外せば解消したという人もいるようです。（参考：(CS6) Error during render: “Internal Verification failure, sorry!{could not find itemframe we now..）
あと、たまたまかもしれませんが自分がいろいろ試してみたところ「メディア&ディスクキャッシュ」から、「ディスクキャッシュを空にする」と「データベースとキャッシュをクリーン」を行ったあとレンダリングすると、エラーなくレンダリングできたこともありました。
有効な解消方法など分かりましたら、追記したいと思います。